Microscopía de fluorescencia que utiliza múltiples fotones de baja energía para producir la excitación del fluoróforo. Los microscopios multifotónicos tienen una vía óptica simplificada en la emisión debido a la falta de un punto de emisión, que es necesario en los microscopios confocales normales. Por último, permite un aislamiento espacial de la excitación, permitiendo una mayor profundidad de imagen en los tejidos ópticamente densos, mientras que la fotoblanqueo y fototoxicidad se restringe al área enfocada.