Tipo de microscopía de sonda de rastreo en donde una aguja conductora muy afilada se mantiene sólo unos pocos angstroms por encima de la superficie de la muestra. La pequeña corriente de túnel que fluye entre la muestra y la punta de la aguja se mide, y a partir de ella se producen topogramas tridimensionales. Debido a la mala conductividad electrónica de la mayoría de las muestras biológicas, sobre la muestra se deposita un recubrimiento metálico delgado.