Una droga eficaz en el tratamiento de la depresión mayor, trastorno distímico y depresión atípica. Algunos pacientes refractarios a las drogas tricíclicas responden a la fenelzina, especialmente aquellos con depresión atípica o ansiedad severa. Ha mejorado el hábito alimentario de pacientes con bulimia; sin embargo, su papel definitivo en esta enfermedad espera el resultado de ensayos clínicos controlados. La fenelzina es también eficaz en trastornos fóbicos y de pánico.