Sistemas enzimáticos que contienen tres subunidades diferentes y que requieren ATP,S -adenosilmetionina y magnesio para actividad endonucleolítica, para producir fragmentos de doble cadena al azar con 5'-fosfatos terminales. Funcionan también como ATPasas dependientes de ADN y como metilasas de modificación, catalizando las reacciones EC 2.1.1.72 y EC 2.2.2.73, con especificidad de sitio similar. Los sistemas reconocen secuencias específicas cortas del ADN y se segmentan en sitios lejanos de la secuencia de reconocimiento. Las enzimas de diferentes microorganismos con la misma especificidad se denominan isosquisómeras. EC 3.1.21.3.