Unión del ARN de dos genes diferentes. Un tipo de trans-empalme es el "líder empalmado" (hallado principalmente en protozoos como los tripanosomas y en invertebrados inferiores como los nematodos) que da lugar a la adición de una secuencia de líder empalmado, cubierta, no codificante, en el extremo 5'de los mARNs. Otro tipo de trans-empalme es el de los "instrones discontinuos del grupo II" (que se hallan en los cloroplastos de plantas y algas y en las mitocondrias de pkantas), que dan lugar a la unión de dos secuencias codificadoras transcritas independientemente. Ambos tipos son similares desde el punto de vista mecánico a los cis-empalmes convencionales del pre-mARN nuclear. Las células de los mamíferos también son capaces del trans-empalme.