El miembro prototípico y mejor estudiado de la familia de las semaforinas. La semaforina-3A es una pista de guía de repulsión axónica en relación con las neuronas migratorias del sistema nervioso en desarrollo. Hasta el momento se ha encontrado sólo en vertebrados y se une a los receptores del complejo NEUROPILINA-1/plexina en los conos de crecimiento. Al igual que otras semaforinas de clase 3, es una proteína segregada.