Moléculas de ácido nucleico de doble cadena (ADN-ADN o ADN-ARN) que contienen regiones mal pareadas de nucleótidos (no-complementarios). In vivo, estos heterodúplex pueden producirse por mutación o recombinación genética; in vitro, se forman por la hibridización de ácidos nucleicos. El análisis por microscopía electrónica de los heterodúplex resultantes facilita el mapeo de regiones de secuencias de bases homólogas de ácidos nucleicos.