ADN específico de especies o de subespecies (incluye ADN complementario (ADN, COMPLEMENTARIO), genes conservados, cromosomas completos, o todo el genoma) utilizado en estudios de hibridización con el fin de identificar a microorganismos, para medir homologías ADN-ADN, para agrupar subespecies, etc. La sonda de ADN se hibridiza con un mARN específico, si es que está presente. Las técnicas convencionales utilizadas para determinar el producto de hibridización incluyen los ensayos de dot blot, ensayos de Southern blot, y pruebas de anticuerpos específicos a híbridos ADN:ARN. Las marcas convencionales de las sondas ADN incluyen el marcaje con 32P y con 125I y el marcador químico biotina. El uso de sondas de ADN aporta un reemplazo específico, sensible, rápido, y barato de las técnicas de cultivo celular para diagnosticar infecciones.