Aloantígenos alélicos que a menudo son responsables del rechazo débil de transplantes en los casos cuando se ha establecido la histocompatibilidad (mayor) por pruebas estándares. En el ratón estos son codificados por más de 500 genes y en hasta 30 locus de histocompatibilidad menor. El antígeno de histocompatibilidad menor que se conoce mejor en los mamíferos es el antígeno H-Y.